Les îles japonaises sont peuplées d'animaux tropicaux d'Asie du sud-est, d'animaux de la zone tempérée de Corée et de Chine et d'animaux subarctiques de Sibérie. La faune japonaise comporte de nombreuses espèces et espèces relictuelles que l'on ne retrouve pas dans les zones avoisinantes. On trouve certaines espèces relictuelles à Honshu mais la plupart peuplent les îles Bonin et celles situées au sud de Kyushu.

Caractéristiques générales:
 

    En termes zoogéographiques, la mer au sud du Honshu central appartient à la région Indo-Pacifique occidental qui fait partie du royaume tropical. Elle regorge de poissons de coraux colorés, de serpents de mer et de tortues; on y trouve aussi le dugong et le marsouin de l'Inde. La mer au nord de Honshu appartient à la région du Pacifique nord, qui fait partie du royaume du nord, et longe la côte sud des îles Aléoutiennes et la côte ouest des Etas-Unis jusqu'en Californie; on y trouve des otaries, des lions de mer de Steller et des baleines de Baird. Enfin, Hokkaido, qui se trouve en majeure partie face à la mer d'Okhotsk dans la région arctique, est fréquentée occasionnellement par des animaux originaires de la zone arctique tels que le morse.1    Lorsque l'on divise géographiquement les îles japonaises d'après les animaux qui les habitent, on inclut parfois les Ryukyu, au sud d'Amami Oshima, dans la zone orientale qui s'étend de la péninsule malaise à l'Inde; ces îles sont aussi parfois considérées comme zone de transition entre cette région et la région paléarctique. La zone située au nord de Yakushima, au large du sud de Kyushu, est intégrée à la région paléarctique. Les Ryukyu sont en grande partie peuplées d'espèces tropicales telles que la roussette géante, l'aigle serpentaire, la lézard arlequin et les papillons de la famille des Danaidae. Deux groupes d'espèces prédominent dans les trois îles majeures du Japon (Honshu, Shikoku et Kyushu) et à Hokkaido, qui sont incluses dans la région paléarctique: les espèces vivant dans les forêts d'arbres à feuilles caduques de Corée, du centre et du nord de la Chine, tels que le chien viverrin, le cerf shika, l'ibis japonais, le canard mandarin et le lycène de la sous-famille des théclinés, et celles des forêts de conifères de Sibérie qui comprennent l'ours brun, le lièvre siffleur, la gélinotte des bois, le lézard vivipare et l'épinochette.

    Les animaux appartenant au groupe de la Corée et de la Chine vivent pour la plupart sur les trois îles majeures du Japon et ceux du groupe de la Sibérie sur Hokkaido. Il est donc courant d'inclure les trois principales îles dans la sous-région mandchoue appartenant à la région paléarctique et Hokkaido dans la sous-région sibérienne. Cependant, l'histoire géologique des îles japonaises, qui se sont séparées du continent asiatique et l'ont rejoint plusieurs fois, est extrêmement compliquée, d'où une très grande complexité des migrations animales entraînant une distribution discontinue des espèces. La faune du Japon diffère légèrement de celles que l'on peut trouver dans les zones continentales correspondantes et l'archipel nippon compte peu d'espèces endémiques.

    En matière de protection des espèces menacées, l'agence de l'Environnement examine des mesures telles que la conservation des habitats, l'élevage artificiel et l'alimentation. Certains projets sont déjà mis en oeuvre. L'agence a entrepris une étude quinquennale sur le statut des populations animales en 1979 en vue de protéger les animaux et les insectes.


Les animaux dans la culture japonaise:
 

    La plupart des croyances et des opinions des Japonais concernant les animaux proviennent de traditions indigènes, de sources bouddhiques et des oeuvres classiques de la littérature chinoise. Les symboles animaliers chinois traditionnels tels que les grues et les tortues (signe de bonheur et de longévité) ainsi que les hirondelles (représentant la fidélité) furent adoptés par la classe dirigeante japonaise aux époques protohistorique et ancienne. Ce n'est qu'à la fin de la période féodale (milieu du XIIè siècle - XVIè siècle) que des symboles animaliers réellement japonais se sont développés.

    La plupart des Japonais évitaient de tuer les quadrupèdes et le poisson fut leur principale source de protéines animales jusqu'à la fin du XIXè siècle. Cette pratique était en grande partie issue de l'enseignement bouddhique. Les croyances japonaises relatives aux animaux incluent le rôle joué par le jikkan junishi, cycle sexagénaire de l'ancien système de calendrier chinois. Ce cycle est divisé en sous-cycles de 12 ans, chacun étant représenté par un animal. Il est encore courant d'associer le caractère et le destin d'une personne, d'après le jour de sa naissance, à ceux de l'animal correspondant du cycle sexagénaire (par exemple, "l'année du dragon"). Les animaux et les plantes sont en outre souvent utilisés dans les descriptions artistiques et poétiques pour évoquer la notion du temps et des saisons.